更为重要的是，生态系统的破坏在许多情况下往往不可逆转，即使经过治理使其恢复也要经过相当长的时间，需要付出巨大代价。为了眼前和局部利益而使湿地资源遭到破坏，会遭到自然界的残酷报复并蒙受巨大损失，这种报复甚至殃及子孙后代。目前中国生态环境的脆弱状况和生态环境继续恶化的趋势，给我国经济和社会带来极大的危害，严重影响可持续发展。不仅加剧贫困程度、加剧经济和社会发展的压力，而且加剧自然灾害的发生，1998和1999的洪涝、干旱灾害已经使我国人民偿到了破坏湿地的恶果。为了遏制生态环境的恶化趋势、避免这样的后果继续发生，必须尽早尽快行动，保护中国有限的湿地资源，使湿地资源达到永续利用，与人类长期共存。
盲目的进行农用地开垦、改变天然湿地用途和城市开发占用天然湿地直接造成了中国天然湿地面积消减、功能下降。据不完全统计，中国沿海地区累计已丧失滨海滩涂湿地面积约119万公顷，另因城乡工矿占用湿地约100万公顷，两项相当于沿海湿地总面积的50%。全国围垦湖泊面积达130万公顷以上，由于围垦湖泊而失去调蓄容积350亿立方米以上，超过了我国现今五大淡水湖面积之和，因围垦而消亡的天然湖泊近1000个。昔日"八百里洞庭"的洞庭湖已从40年代末期约43万公顷，减少至目前的约24万公顷，水面缩小40％，蓄水量减少34％。鄱阳湖因围垦损失库容45.22亿立方米，建国初至七十年代每年因围垦减少湖泊面积逾4000公顷。围垦恶化了湖区的水情，直接减少了对江河供水调蓄的容积，使洪水出现频率升高；而广大圩区的涝渍水反而还要向河湖排放，又加大了江湖调蓄压力，更增加了洪涝灾害风险，已经成为制约湖区经济发展的心腹之患。
中国的沼泽湿地由于作为泥炭开发和农用地开垦，面积急剧减少。三江平原原是中国最大的平原沼泽分布区，据统计，1975年三江平原自然沼泽面积为244万公顷，占平原面积的48%；1985年沼泽面积下降到150万公顷,
占平原面积的29%；到1990年沼泽面积仅剩113万公顷，仅占平原面积的22%。该区域随着自然湿地面积的逐渐减小，湿地生态功能明显下降，生物多样性降低，出现生态环境恶化现象，如风蚀加重、土壤局部沙化、盐渍化、水土流失加重、旱灾次数增多等等。
围垦与湿地用途的改变，还使水生生物丧失了栖息空间，渔业生产、湿地经济植物的种植失去了发展场所，对渔业资源的破坏也相当严重。
此外，湿地的泥沙淤积日益严重。长期以来，一些大江、大河上游水源涵养区的森林资源遭到过度砍伐，导致水土流失加剧，影响了江河流域的生态平衡，河流中的泥沙含量增大，造成河床、湖底淤积，湿地面积不断缩小，功能衰退。近年来，长江中下游及东北地区洪涝灾害频繁，与这些地区湿地水文发生的变化、湖泊拦蓄洪水功能下降有着直接关系。
九十年代以来，我国在湿地保护和利用方面采取了一系列的措施，在一定程度上保护了湿地及其生物多样性。但在人口和经济的压力下，经济快速发展以及人类生产生活对湿地资源依赖程度的提高，直接导致了湿地及其生物多样性的普遍破坏，近40年已有50％的滨海滩涂湿地不复存在；全国约13％的湖泊已经消失；黑龙江三江平原78％的天然沼泽湿地丧失；洪湖水生植物种类减少24种、鱼类减少约50种；七大水系63.1％的河段水质污染失去了饮用水功能等等。诸此恶果，不仅直接造成巨大的经济损失，并导致湿地生态功能、社会效益得不到正常发挥，抵御自然灾害能力丧失。在即将进入21世纪的今天，湿地的多种功能和综合价值仍未被公众以及一些管理者认知，湿地被视为荒地、各类湿地资源是原始性开发利用的主要对象，在一些天然湿地集中分布地区因围垦、污染、泥沙淤积及过度开发利用造成的湿地破坏仍在增加。更值得注意的是原集中于大中城市的污染现已沿河流流域扩展，将威胁到更多的天然湿地以及野生动植物等资源。从全国总体情况看，天然湿地数量减少、质量下降的趋势仍在继续，湿地生态系统依然面临着严重的威胁。如再不采取强有力的保护措施，湿地资源的破坏将严重威胁当地经济发展和居民的生存环境，保护湿地及其生物多样性已是刻不容缓。