一是我国许多大河流域均不同程度地出现了严重的生态环境问题,而且这些问题呈现出越来越明显的流域性特征，例如长江流域的生态环境问题有植被退化、水土流失、泥沙淤积、洪涝灾害加剧、水质污染、湖泊富营养化、生物多样性丧失、海水入侵等。值得注意的是，这些生态环境问题是密切联系的，1998年夏天中游地区的洪涝灾害充分说明了这个问题。同时，治理这些生态环境问题，并不是某个部门、某一地区或某种单一方法就能凑效的，需要不同部门与地区之间的合作，需要上中下游、左右岸的协调，需要采取综合治理措施。“头疼医头、脚疼医脚”的治理办法已远远不能解决问题，部门之间与地区之间的协调一致是流域生态环境改善的先决条件。

　　二是长江流域是我国纵贯东西的一条重要发展轴线，在我国实现第三步发展战略目标的重要支撑区域，其重要性是不言而喻的。同时，长江流域也是我国生态环境建设必须重点关注的区域。随着长江流域的社会经济发展，某些流域内的局部性问题可能会具有全局性的影响，例如三峡库区的生态保护、三峡运行后对中游湿地的影响、汉水北调后的环境流量与河流健康、中游地区退田还湖后的农民生计、太湖与沿江湖泊的富营养化等问题，已经成为政府高层密切关注的重大问题。